Masa pemerintahan Abu Bakar berlangsung cukup singkat. Pada masa itu, Abu Bakar memimpin kaum muslim hanya sekitar dua tahun. Setelah lima belas hari menderita sakit, Abu Bakar wafat pada tanggal 21 Jumadil Akhir tahun 13 Hijriah dalam usia 61 tahun. Sebelum wafat, Abu Bakar berkata kepada putrinya, Aisyah. “Wahai Aisyah, tidak ada harta yang ayah tinggalkan. Hanya ada seekor unta dan sehelai tikar. Serahkan semua itu kepada Umar bin Khattab”. Menjelang wafatnya, Abu Bakar juga dikunjungi beberapa sahabat. Salman Al-Farisi yang menjenguknya meminta Abu Bakar berwasiat. Abu Bakar berkata, “Allah SWT telah membuka semua isi dunia kepadamu. Janganlah kamu mengambilnya selain yang sampai kepadamu. Ketahuilah, barangsiapa mengerjakan shalat shubuh, ia berada dalam tanggungan Allah SWT. Janganlah engkau menghina Allah SWT sementara engkau berada dalam tanggungan-Nya. Jika engkau melakukan hal itu, Allah akan menelungkupkan wajahmu ke dalam neraka”. Ketika kondisinya semakin mengkhawatirkan, para sahabat meminta Abu Bakar menunjuk seseorang yang menggantikan dirinya sebagai khalifah. Abu Bakar menyebut nama Umar bin Khattab. Para sahabat pun berkomentar, “Engkau memilih orang yang kasar dan berhati keras. Apa yang akan engkau katakana kepada Tuhanmu nanti ?”. “Aku akan mengatakan bahwa aku memilih makhluk-Nya yang terbaik”. Setelah itu, Abu Bakar meminta seseorang untuk memanggilkan Umar bin Khattab. Setelah Umar berada di hadapannya, Abu Bakar berkata, “Sesungguhnya, Allah tidak menerima amalan sunnah sebelum amalan fardhu dilaksanakan. Timbangan amal seseorang akan menjadi berat jika ia mengikuti jalan yang benar. Hanya dengan mengikuti jalan yang benar yang dapat memberatkan timbangannya. Timbangan amal seseorang akan menjadi ringan jika ia melaksanakan kejahatan di dunia. Hanya kejahatan di dunia yang dapat meringankan timbangannya”. Abu Bakar melanjutkan wasiatnya, “Allah SWT menurunkan ayat rahmat dan ayat azab agar setiap mukmin gembira sekaligus takut. Dengan demikian, kedua tangannya tidak akan membawanya pada kebinasaan”. Demikianlah sebagian wasiat Abu Bakar dan semoga Allah menempatkannya di surga.